ホロウエリア編クリア後もしくはひとりマルチプレイ時に、管理区コンソールから「秘匿領域へ転移」を選択することで進行可能な125階まである秘匿領域について。

地下125階までの全125マップで各階の転移石を見つけて進む
階を移動してもオートセーブされない
マップの地形はいくつかのパターンからランダムで出現
マップのスタート地点、転移石の位置もランダム
宝箱の出現位置、出現個数もランダム
地下10階毎に「スキルポイント＋１or２」か「好きな種類の武器を１つ」入手できる
一度到達すると地下21階、41階、61階、81階、101階へワープできる

地下20階、40階、60階、80階を除き、10階ごとに単体または複数体のボスが出現する
地下10階：NMターミネートドラゴンオメガ(Lv約120)
地下30階：NMウィズダムハリダム(Lv約135)
　　　　　NMフォースハリダム(Lv約135)
地下50階：NMミースサーペントドラゴンアルファ(Lv約150)
　　　　　NMミースサーペントドラゴンガンマ(Lv約150)
　　　　　NMミースサーペントドラゴンベータ(Lv約150)
地下70階：NMツインハウンドバースト(Lv約175)
　　　　　NMツインハウンドブースト(Lv約175)
地下90階：NMブラックマウスオブキラー(Lv約190)
　　　　　NMブルーアイオブキラー(Lv約190)
　　　　　NMレッドアイオブキラー(Lv約190)
地下100階：HNMメビウス(Lv約200)
地下110階：ボス:ガイアード・ザ・ヴォルケーノ(Lv約230)
地下120階：ボス:ベーバー・ザ・ヴァイブレーター(Lv約235)
地下125階：ボス:ヴァルナギア・ザ・エンプレス(Lv約240)
最終125階のボスを倒すと、宝箱から・・・
弓「秘弓スタークラフト」(レジェンダリーウェポン扱い)、
首アクセサリ「ホロウフラグメント」(「インフィニティモーメント」の上位装備)
「秘匿領域深淵の鍵」を入手できる

秘匿領域地下125階をクリアして「秘匿領域深淵の鍵」入手後に管理区コンソールに行くと【秘匿領域深淵へ転移】コマンドが追加されている
深淵へ転移すると１フロアのみで最強の敵SNMナイト・メア・ホロウ(Lv.250)とバトルになる(最強の敵と言っても遺棄エリア超高難度ミッションのHNM虹輝竜エクスエターナよりは倒し易い印象)
倒すと宝箱からRarity5の片手剣「偽輝剣ベロシアスブレイン」が入手できる

秘匿領域地下125階攻略編で出現する宝箱は全て復活するタイプの青い宝箱。
青い宝箱からは消耗アイテム、鉱石のほか、低確率で強力な武器が入っている。
武器集めが目的で「秘匿領域」に行く人は可能な限り多くの宝箱を開けよう。 宝箱から出現する武器の種類ごとのダメージ値は以下の様になっている 短剣・・・ダメージ値 375 or 385 or 395
片手剣・・・ダメージ値 610 or 620 or 630
曲刀・・・ダメージ値 615 or 625 or 630
細剣・・・ダメージ値 535 or 540 or 550
片手棍・・・ダメージ値 780 or 790 or 800
両手斧・・・ダメージ値 970 or 980 or 990
槍・・・ダメージ値 690 or 700 or 705
刀・・・ダメージ値 765 or 785 or 800
両手剣・・・ダメージ値 960 or 970 or 980
弓(シノン専用)・・・ダメージ値 1000 or 1100 or 1200 or 1350
各武器種ごとに3種類（弓は4種類）のベースとなる武器が出現し、これらに宝箱の自動生成によってランダムに付与された補正値、強化回数が加わる（攻撃間隔は各武器種の基本値）。
実装エレメント調査で入手できる強力な武器と同等か武器種によってはそれ以上のステータスを持つものもある。（実装エレメント調査の武器詳細は各武器ページに掲載中）

更に、これらの武器に追加効果と特殊効果のどちらかもしくは両方がつく場合がある。
ここで言う追加効果とは、毒、麻痺、出血、スタン、封印といった状態異常効果のことで
特殊効果とは取得経験値アップ、ドロップ率アップ、スキル発動時間短縮、アイテム使用時間短縮のことである。
特に特殊効果付きの武器に関しては、ただでさえ出現率が低い宝箱の武器からまれに出るものなので、かなりのレアアイテムとなる。
当サイト調べでは、秘匿領域の武器に特殊効果が付与される確立は約17%
母数200個中34個に特殊効果が付与された
内訳は取得経験値＋が10回、ドロップ率＋が10回、スキル発動時間－が14回
また、特殊効果の最大値は「＋－30(%)」だである。
ちなみに浅い階の宝箱からも武器は出現するため（地下1階で出現を確認済）、「ひとりマルチプレイ」を使えば、ゲーム序盤からほぼ最強の武器を入手できる。