今作「ホロウフラグメント」からは、主人公のアバターをカスタマイズできる。カスタマイズできるのは主人公のフェイス、髪型、目の色だけでなく、名前とボイスも変更可能となり、ソードアートオンラインの主人公キリトとは違ったキャラクターでSAOの世界を楽しめることが可能となる！
また、アバターの変更はゲーム開始時だけでなく攻略を進めている途中のセーブデータでも可能だ。 アークソフィアのエギルの店2階にあるキリトの部屋奥の机の引き出し付近で○ボタンを押すといつでもアバターの変更ができるので覚えておこう！（名前の途中変更は不可）

前作「インフィニティモーメント」では視点タイプはキリトの背中から見るもの一択だけだったが、今作「ホロウフラグメント」ではキリトと同じ視点で画面を見る事ができる【主観視点】の機能が新たに実装された。 これにより、好きなヒロインやキャラクターをより様々な視点でより近くで楽しむことができる。2014年4月27日現在主観視点モードでのアクション機能が少しやりにくい印象だが、今後のアップデートで主観視点の操作性が向上する。
また、新たに追加されたアクション『手をつなぐ』や『お姫様だっこ』と【主観視点】を組み合わせることで、ヒロインをあんな視点やこんな視点で見ることも可能だ。
そして実は主観視点機能使用時はフィールドの移動速度がアップしていることが明らかになった。

今作ソードアートオンライン-ホロウフラグメント-ではチュートリアル終了後からすぐに好きなヒロインをパートナーとして選択が可能になった。
前作インフィニティーモーメントでは序盤の階層攻略では決まったヒロインをパートナーにしなくてはならなくなったが、今回はいきなり76層からアスナ、シリカ、リズベット、リーファ、シノン、ストレア、クラインと前作同様のキャラクターを全員パートナーとして選択可能だ。
残念ながら新ヒロインであるフィリアは、ホロウエリア編でのみプレイ可能なキャラクターなので階層攻略編のヒロインにはできないが、アインクラッド階層攻略編と同時並行に進行できるホロウエリア編にシノンやストレアを初めのうちから連れていくことが可能になっている。
だが、はじめのうちはアスナ、ストレア、クライン以外のレベルはかない低いので注意が必要だ。特にシノンはレベル50代からのスタートなのではじめからシノンをパートナーにする場合は街を出てすぐのフィールドでレベル上げをした方が無難だろう。

ホロウフラグメントからはアイテムを管理できる倉庫機能が追加されアイテムストレージの拡張により前作インフィニティモーメントの様に持ちきれなくなったアイテムを売る必要がなくなった。
ホロウフラグメントの倉庫機能の使い方は76層アークソフィアの転移門に触れて「倉庫にアイテムを転送する」をセレクトし、所持してるアイテムを選んで「送る」をセレクトするというシンプルな方法なのでアイテム管理が格段に便利になった。

アイテムの所持限界個数も前作から変更点が加えられている
ポーションなどの消耗アイテム1種類の所持可能数の限界が10個と少なくなったり（転移結晶などの例外あり）、モンスタードロップアイテムなどの鉱石、素材、換金用アイテムの1種類の所持可能数の限界が99個に増えたりしている。
ダンジョン攻略中に入手したアイテムが所持個数限界を超える場合は自動的に倉庫へ送られ、倉庫の格納限界個数も超えると自動的に捨てられてしまうので注意が必要だ。

前作インフィニティモーメントでは特定の場所と特定の条件下でしか発動しなかったパートナーとの会話イベントが76層街アークソフィアのどこでもそして何度でも行えるようになった。
パートナーに○ボタンで話かけ「会話する」をセレクトすると毎回会話イベントが発生するのでヒロインとの友好度をより上げやすくなっている。
もちろん特定の場所や条件によって友好度の上がり方に違いはあるが、パートナーの友好度上げ作業がやりやすくなったと言えるだろう。

インフィニティモーメントでは、アークソフィア転移門前にいるNPCに話しかけてチュートリアルを行うと自動で熟練度稼ぎが行えたが、今作はその点が変更されている。
転移門前にいるNPCのチュートリアルはクエストに関するもののみで、同じく転移門前にいるアルゴが読むだけのタイプのチュートリアルを行う。
ホロウフラグメントでの熟練度上げは地道に敵を倒す他なさそうだ。
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インフィニティモーメントではリズベット武具店にて武器を強化する際に失敗してもアークソフィア商店通りから出なければオートセーブされることはなかったため、ゲームをリセットすれば何度でもやり直せる仕様だった。しかし今作ホロウフラグメントでは、武器強化中にオートセーブされてしまうためやり直しができなくなった。
その代わり、リズベット武具店に「強化復元」という項目が追加され、強化回数が最大50回まで増やせる様になった。