ホロウエリア編クリア後もしくはひとりマルチプレイ時に、管理区コンソールから「秘匿領域へ転移」を選択することで進行可能な秘匿領域について。
当サイトでは、ホロウエリア編ストーリー中に進行する管理区地下秘匿領域（地下10階までの方）と区別するため秘匿領域地下100階攻略編と言う。
※以下の記事は暫定情報も含みます。随時追加、修正予定

地下100階までの全100マップ
階を下りる毎に転移石で転移する必要がある
階を移動してもオートセーブされない
転移結晶を使用できない
基本的にマップの地形はいくつかのパターンからランダムで出現
マップのスタート地点、転移石の位置も基本的にはランダム
宝箱の出現位置、出現個数もランダム
地下10階、30階、50階、70階、90階は、単体もしくは複数体のNMクラスの中ボスが出現する例外的な大部屋マップ
地下20階、40階、60階、80階は、ボスは出現しないが例外的な大部屋マップ
地下100階は、ラスボスHNMメビウスが出現する例外的な大部屋マップ

秘匿領域地下100階攻略編で出現する宝箱は全て復活するタイプの青い宝箱。
青い宝箱からは消耗アイテム、鉱石のほか、低確率で強力な武器が入っている。
武器集めが目的で「秘匿領域」に行く人は可能な限り多くの宝箱を開けよう。 宝箱から出現する武器の種類ごとのダメージ値は以下の様になっている 短剣・・・ダメージ値 375 or 385 or 395
片手剣・・・ダメージ値 610 or 620 or 630
曲刀・・・ダメージ値 615 or 625 or 630
細剣・・・ダメージ値 535 or 540 or 550
二刀流・・・ダメージ値 610 or 620 or 630
片手棍・・・ダメージ値 780 or 790 or 800
両手斧・・・ダメージ値 970 or 980 or 990
槍・・・ダメージ値 690 or 700 or 705
刀・・・ダメージ値 765 or 785 or 800
両手剣・・・ダメージ値 960 or 970 or 980
弓(シノン専用)・・・ダメージ値 1000 or 1100 or 1200 or 1350
各武器種ごとに3種類（弓は4種類）のベースとなる武器が出現し、これらに宝箱の自動生成によってランダムに付与された補正値、強化回数が加わる（攻撃間隔は各武器種の基本値）。
実装エレメント調査で入手できる強力な武器と同等か武器種によってはそれ以上のステータスを持つものもある。（実装エレメント調査の武器詳細は各武器ページに掲載中）

更に、これらの武器に追加効果と特殊効果のどちらかもしくは両方がつく場合がある。
ここで言う追加効果とは、毒、麻痺、出血、スタン、封印といった状態異常効果のことで
特殊効果とは取得経験値アップ、ドロップ率アップ、スキル発動時間短縮のことである。
(秘匿領域の武器に付与される特殊効果はたぶんこの3種類のみ)
特に特殊効果付きの武器に関しては、ただでさえ出現率が低い宝箱の武器からまれに出るものなので、かなりのレアアイテムとなる。
当サイト調べでは、秘匿領域の武器に特殊効果が付与される確立は約17%
母数200個中34個に特殊効果が付与された
内訳は取得経験値＋が10回、ドロップ率＋が10回、スキル発動時間－が14回
また、前作と同様に特殊効果の最大値は「＋－30(%)」だと思われる。
ちなみに浅い階の宝箱からも武器は出現するため（地下1階で出現を確認済）、「ひとりマルチプレイ」を使えば、ゲーム序盤からほぼ最強の武器を入手できる。

また地下100階で出現するHNMメビウスを倒すと、弓以外の各種類の武器から1つだけ、上記の数値の中から最もダメージ値が高い武器を入手できる。