「ソードアートオンライン ホロウフラグメント」では前作と同じく76層～100層を攻略する【階層攻略編】と、もう一つの新編である【ホロウエリア編】が登場する。新編【ホロウエリア編】は最大4人で協力してプレイ可能なマルチプレイがアドホックモードで可能となっている。マルチプレイ時にも通常プレイ時と同様パートナーを１人つれてプレイ可能なので、最大で4人(プレイヤー)＋4人(パートナー)の8キャラクターで敵との戦闘が可能となる（マルチプレイモードは1人でも遊ぶことができる。ひとりマルチプレイ時は5キャラクターでホロウエリア編をプレイできる）。
マルチプレイはホロウエリア「管理区」のコンソールに触れ「通信プレイの開始」を選択することで行える。

PS Vita用ゲームソフトとなる今回の「ソードアートオンライン ホロウフラグメント」では前作同様ソードスキルやバトルスキル、パートナーに指示を出すコールスキルを発動するバトルシステムとなっている。しかし前作との決定的な違いは、PS Vita用ソフトとなったことによりタッチパネルによる操作が可能となり、スキルやスイッチの発動、パートナーをほめる【good】ボタンが画面タッチで操作できる。つまり、PSP用ゲームソフトだった前作インフィニティモーメントと比べるとかなり幅広い操作が行える様になるのだ。
もちろん、前作同様、今作ホロウフラグメントでも自分の好きなスキルをカスタマイズしてボタン操作できる「スキルパレット」は存在するので、スキルパレットとタッチパネル操作でより直感的に素早くキャラクターを操作できるというのがホロウフラグメントの一番の魅力だ。

あまり知られていない様に思うが、PS Vitaには背面にもタッチ操作可能なタッチパッド機能がついている。
背面タッチパッドを上方向にスワイプするとカメラをズームアウト（遠い視点に）、下方向にスワイプするとカメラをズームイン（近い視点に）する操作ができる（詳しくはホロウフラグメントの説明書最初の方にある【基本操作】のページに記載）。
背面タッチパッド操作によるカメラの視点切り替えは使用者によって使い勝手の良し悪しがあるだろう。また個人的には、PS Vita本体によって感度の違いもある印象なので、お持ちのPS Vita本体の背面パッドの感度が良く、尚かつ使い易いと感じた方のみにおすすめな機能だ。